1 lipca 1923 r. Klemens Bąkowski spisał „Rozporządzenie pogrzebowe”, w którym zanotował: „1) Trumna ma być prosta drewniana na czarno pomalowana. 2) Rodzice moi Józef i Anna leżą w alei głównej za kaplicą, za grobem Matejki na rogu na prawo. Proszę, aby ile możności w bliskości Ich grób mój umieścić. 3) Życzę sobie grób mój wykonać w ten sposób: wykopać dół, dno wybetonować na 10-15 centymetrów, na tem dnie złożyć trumnę i betonem (szutrem z piaskiem i cementem) zasypać i przykryć, aby w ten sposób powstał fundament wystający nieco nad powierzchnię, na górze dać płytę z napisem [pieczątka] ADWOKAT Dr. KLEMENS BĄKOWSKI Syndyk stoł. król. Miasta Krakowa KRAKÓW, ul. Św. Jana 12. Może który z budowniczych w Krakowie zajmie się tem, jeżeli go zaraz się zawiadomi po mej śmierci”. Uzupełnił dyspozycje 18 lipca 1931 r. „Żadnych mów pogrzebowych! A 1 lipca 1932 r. dopisał: „Jedynym luksusem pogrzebowym niech będzie odegranie przy wyprowadzeniu zwłok moich, przez 10 do15 wiolonczel marszu pogrzebowego Chopina – koszt na to znajdzie się w moim majątku”. Aktualizując testament w marcu 1935 r. zaznaczył „Żadnych mów pogrzebowych ni wieńców!” Dyspozycje pogrzebowe uzupełnił 24 kwietnia 1937 r. pisząc: „Życzę sobie być pochowanym na cmentarzu Rakowickim”.
„Rozporządzenie pogrzebowe” Klemensa Bąkowskiego spisane w 1923 r. i potem uzupełniane (ANK, Sąd Grodzki w Krakowie, sygn. 29/446/33737, UV 151/38)
Z dokumentacji grobu Bąkowskich tworzonej przez Zarząd Cmentarzy Komunalnych wynika, że zmarły w maju 1879 r. Józef Bąkowski został pochowany w części tzw. nowego cmentarza (kwatera nr 10 rząd 15 grób nr 21), czyli powiększenia od strony zachodniej w latach 60. XIX w., początkowo w formie nieregularnych kwater, przekształconych w kwatery geometryczne przy kolejnym poszerzeniu cmentarza w latach 80. XIX w. Wówczas wprowadzono obecnie oznaczenie grobu – pas 41, rząd płd, miejsce 3.
W lipcu 1934 r. na zlecenie Bąkowskiego firma Arch. Mieczysław Sarnecki i Ska Przedsiębiorstwo Budowlane w Krakowie (ul. Floriańska 23) odnowiła nagrobki rodziców na Cmentarzu Rakowickim (wykonano pogłębienie 44 liter w płycie marmurowej i wyzłocenie liter, pogłębienie 2 krzyży z wyzłoceniem oraz przeszlifowanie całych płyt i przepumeksowanie). Przy okazji tych prac Bąkowski sporządził plan sytuacyjny grobów rodziców za kaplicą i grobem Matejki zaznaczając między nagrobkami Józefa Bąkowskiego i Anny Bąkowskiej „w miejscu oznaczonym czerwona kropką może przy pewnem rozkopaniu zmieściłby się mój grób” (ANK, Zbiór Klemensa Bąkowskiego, sygn. 29/675/24, s. 429-432).
Klemens Bąkowski zmarł w nocy 21 sierpnia 1938 r. o godzinie 24 (wpis w księdze zgonów Urzędu Zdrowia) – jako datę zgonu przejęto 22 sierpnia. Archiwa państwowe przejmują parafialne księgi zgonów z Urzędów Stanu Cywilnego po upływie 80 lat od zamknięcia księgi, w związku z tym póki co nie możemy sprawdzić zapisu w księdze zmarłych parafii Najświętszej Marii Panny w Krakowie. Niestety nie zachowała się dokumentacja sprawy spadkowej prowadzonej przez Sąd Grodzki w Krakowie, w której bez wątpienia znajdował się akt zgonu.
Wpis dot. śmierci Klemensa Bąkowskiego w prowadzonej przez Urząd Zdrowia księdze zmarłych (ANK, Urząd Zdrowia w Krakowie, sygn. 29/83/310, nr 2343).
„Czas” w numerze 231 z 24 sierpnia 1938 r. opublikował wspomnienie o Klemensie Bąkowskim oraz niewielką wzmiankę „Przed pogrzebem śp. Dr. K. Bąkowskiego”, w której przypomniano, że wolą zmarłego było, aby pogrzeb odbył się „w formie skromnej bez żadnych przemówień i wieńców”. W związku z tym zamiast wieńca na trumnę Towarzystwo Miłośników Historii i Zabytków Krakowa przeznaczyło kwotę 100 zł na schronisko Brata Alberta, na ten sam cel Prezydent Mieczysław Kaplicki przekazał 50 zł.
Pogrzeb Klemensa Bąkowskiego odbył się w środę 24 sierpnia o godzinie 17 na Cmentarzu Rakowickim. „Czas” (nr 232 z 25.08.1938) relacjonował: „kaplica wypełniona była po brzegi przedstawicielami intelektualnych sfer Krakowa. Imieniem Polskiej Akademii Umiejętności wziął udział w pogrzebie dr. Kutrzeba, a imieniem prezydium miasta prezydent miasta dr. Kaplicki. Zgodnie z życzeniem zmarłego nie wygłoszono żadnych przemówień, natomiast odegrano dwa razy marsz żałobny Chopina, w kaplicy przez kwartet wiolonczelowy, a drugi raz nad mogiłą przez orkiestrę miejską. Kondukt żałobny prowadził na miejsce wiecznego spoczynku ks. infułat dr. Kulinowski w otoczeniu licznego duchowieństwa”.
K. Bąkowski zgodnie z wielokrotnie wyrażoną wolą został pochowany między grobami rodziców – patrząc odnosimy wrażenie, że jest to jeden grobowiec. Po lewej stronie jest płyta nagrobna z napisem „ANNA BĄKOWSKA ZM. 30 IX 1897”, po prawej stronie płyta z napisem „JÓZEF BĄKOWSKI ZM. 3 V 1879”. Na środku płyta z napisem poświęconym Klemensowi Bąkowskiemu autorstwa dr Leona Tomasika, wykonawcy testamentu, który wbrew woli testatora nie umieścił na płycie suchej treści urzędowej pieczątki adwokata.
DR. KLEMENS
BĄKOWSKI
UR. 23 XI 1860 ZM. 22 VIII 1938
WIELOLETNI SYNDYK M. KRAKOWA
I B. RADCA MIEJSKI.
ZAŁUŻONY BADACZ
I ZNAWCA PRZESZŁOŚCI.
CZŁONEK HONOROWY
I HOJNY UPOSAŻYCIEL
TOW. MIŁOŚNIKÓW HISTORII
I ZABYTKÓW KRAKOWA.
POŚWIĘCIŁ SWE ŻYCIE
RODZINNEMU MIASTU,
KTÓREMU Z SYNOWSKA WIERNOŚCIĄ
NIÓSŁ WYTRWALE W OFIERZE
PRACĘ, WIEDZĘ I SERCE.
R.I.P.
Grobowiec i tablicę wykonała Pracownia Kamieniarsko-Rzeźbiarska Braci S. i T. Bodnickich (ul. Rakowicka 7). Dopiero we wrześniu 1939 r. Zarząd Miejski w Stoł. Król. Mieście Krakowie Wydział Zdrowia Publicznego w odpowiedzi na pismo Towarzystwa z 8 września 1938 r. pismem do Zarządcy Cmentarza Miejskiego potwierdził: „Dla zmarłego Dra Klemensa Bąkowskiego wyznaczono na miejskim cmentarzu rakowickim grunt na stały grób ziemny na pasie 41 od południa, między grobami jego rodziców Józefa i Anny o wymiarze 84 cm2. Od zniżonej w myśl reskryptu z dnia 28.XII.1925 L. Prez. 5253/25 opłaty za powyższy grunt w kwocie 105 zł Zarząd Miejski decyzją z dnia 22 września br. zwolnił spadkobiercę zmarłego Towarzystwo Miłośników Historii i Zabytków Krakowa” (ANK, Towarzystwo Miłośników Historii i Zabytków Krakowa, sygn. 29/562/100, s. 299). Klemens Bąkowski od 1895 r. systematycznie wnosił opłaty za grunt dla grobów ziemnych najpierw ojca, potem także matki, Towarzystwo zostało więc zwolnione od opłaty za faktycznie zajęty grunt na umieszczony między nimi grób K. Bąkowskiego.
Tworzące całość nagrobki Klemensa Bąkowskiego i rodziców Anny i Józefa Bąkowskich na Cmentarzu Rakowickim (pas 41, rząd płd, miejsce 3).
W 1969 r. w grobowcu została pochowana bratanica K. Bąkowskiego i na przedniej ściance płyty umieszczono napis „Ś.P. Z BĄKOWSKICH BRONISŁAWA STEINAUER † 1969”. W 1978 r. na zlecenie Towarzystwa firma kamieniarska Józefa Wesołowskiego przeprowadziła remont grobowca.
Wydział Towarzystwa na posiedzeniu 12 maja 1939 r. zdecydował o umieszczeniu w sieni kamienicy przy ul. Św. Jana 12 pamiątkowej tablicy poświęconej Klemensowi Bąkowskiemu. Jednak dopiero w 1950 r. powstała zaprojektowana przez Witolda Chomicza kamienna tablica ozdobiona medalionem z podobizną Bąkowskiego (wykonana przez Karola Hukana), a poniżej umieszczono inskrypcję autorstwa Jerzego Dobrzyckiego, dyrektora Muzeum Historycznego Miasta Krakowa i wiceprezesa Towarzystwa:
†
1860 1938
PAMIĘCI KLEMENSA BĄKOWSKIEGO
DOKTORA PRAW RADCY I SYNDYKA MIEJSKIEGO
WIELKSIEGO MIŁOŚNIKA I ZASŁUŻONEGO BADACZA
DZIEJÓW STAREGO KRAKOWA
WSPÓŁZAŁOŻYCIELA TOWARZYSTWA
MIŁOŚNIKÓW HISTORII I ZABYTKÓW KRAKOWA
KTÓRY W DOMU TYM ŻYŁ PRACOWAŁ I ZMARŁ
PRZEKAZUJĄĆ GO NA WŁASNOŚĆ TOWARZYSTWU
TABLICĘ TĘ NA ZNAK TRWAŁEJ WDZIĘCZNOŚCI POŁOŻYŁ
WYDZIAŁ TOW. MIŁOŚNIKÓW HIST. I ZAB. KRAKOWA
R.P. MCML
Tablica została odsłonięta dopiero 24 czerwca 1952 r., kiedy kamienica została przekazana Muzeum Historycznemu Miasta Krakowa.
W listopadzie 1949 r. Wydział Oświaty i Kultury Zarządu Miejskiego w Krakowie przekazał Wydziałowi Zdrowia pismo informujące, że „Ob. Prezydent m. Krakowa decyzją z 9 bm. polecił wciągnąć grób śp. Klemensa Bąkowskiego, zmarłego dn. 22.8.1938 i pochowanego na cmentarzu Rakowickim, na listę grobów osobistości zasłużonych i roztoczyć nad tym grobem stałą opiekę”. Prezydentem miasta był wówczas Henryk Dobrowolski, członek Wydziału Towarzystwa Miłośników Historii i Zabytków Krakowa (Zarząd Cmentarzy Komunalnych, dokumentacja grobu Bąkowskich).
W październiku 1965 r. Rada Narodowa Miasta Krakowa zdecydowała o nadaniu imienia Klemensa Bąkowskiego ulicy w dzielnicy Zwierzyniec (jest to uliczka równoległa do ulicy Królowej Jadwigi, łączy ul. Tadeusza Wyrwy-Furgalskiego z ul. Ludwika Krzywickiego).