W zasobie Archiwum Głównego Akt Dawnych w Warszawie, w Metryce Koronnej, w księdze kanclerskiej z 1788 r. czyli księdze spraw publicznych (m.in. nadania urzędów, patenty wojskowe; nadania jarmarków, kaduków, prawa emfiteutycznego; potwierdzenia przywilejów miejskich, sprzedaży gruntów, artykułów cechowych, prawa do młyna; wyznaczenie komisarzy, salvi conductus, dymisje, glejty, moratoria, wyznaczanie opieki) zawierającej wpisy za kanclerstwa Jacka Małachowskiego, a prowadzonej przez Ignacego Janiszewskiego wpisano przywilej króla Stanisława Augusta Poniatowskiego „Munus Architecti in Urbe Metropoli Cracoviensi Nobili Stephano Humbert” wydany w Warszawie 17 maja 1788 r. (AGAD, Metryka Koronna, sygn. 1/4/4/89, s. 43-44).
Wpis w Metryce Koronnej, w księdze kanclerskiej z 1788 r. mianowania Stefana (Szczepana) Humberta przez króla Stanisława Augusta Poniatowskiego na urząd architekta w Krakowie (AGAD, Metryka Koronna, sygn. 1/4/4/89, s. 43-44).
Szczepan Humbert w Krakowie już od wpisu do ksiąg przyjęć prawa miejskiego zawsze we wszystkich dokumentach występuje jako architekt. Po trzecim rozbiorze Polski w styczniu 1796 r. Kraków znalazł się w granicach monarchii habsburskiej, w okresie przejściowym władze miasta funkcjonowały na dawnych zasadach stąd też przyjęcie prawa miejskiego przez Humberta 16 czerwca 1796 r. Został wpisany do dwóch ksiąg, założonych na podstawie różnych przepisów obowiązujących w Krakowie w zmiennych politycznie latach 90. XVIII w. – wpisy różnią się nieznacznie, zawsze jednak zaznaczono „architekt uprzywilejowany rodem z Paryża”
Szczepan Humbert był cenionym architektem i zrealizował wiele projektów, także w znanych krakowskich budynkach i świątyniach:
- 1795 projekt klasycystycznego nagrobka Piotra i Zofii z Małachowskich Duninów w kaplicy św. Jana Nepomucena w kościele Mariackim.
- 1798-1799 przebudowa dwóch kamienic u zbiegu ul. Szczepańskiej i ul. Jagiellońskiej na potrzeby teatru Jacka Kluszewskiego (obecnie budynek Teatru Starego im. Heleny Modrzejewskiej).
- przełom XVIII/XIX w. dekoracje w pałacu Pod Krzysztofory (klasycystyczny kominek w byłej kaplicy na pierwszym piętrze, portal pod arkadami krużganków).
- 1809 przebudowa rynkowej kamienicy nr 11 dla kupca bławatnego Józefa Leopolda Wasseraba (obecny budynek tzw. Dom Wenecki powstał w latach 1913-1917).
- 1816 przebudowa zajazdu mieszczącego się w rynkowej kamienicy Margrabskiej (nr 47) na Hotel Drezdeński.
- 1816 projekt generalnego remontu kamienicy Rynek Główny 17 kupionej przez Anzelma Dzwonkowskiego (we współpracy z architektem Janem Drachny).
- 1816 opis krakowskiego ratusza (we współpracy z Sebastianem Niemczykiewiczem).
- 1817 projekt i realizacja ołtarza murowanego w kaplicy Loretańskiej w kościele OO. Kapucynów na Piasku.
- 1817-1820 odnowa wnętrz Pałacu Biskupiego przy ul. Franciszkańskiej.
- 1817-1821 przebudowa trzech kamienic przy ul. Sławkowskiej (nr 3) dla kupca Macieja Knotza – powstał kompleks hotelowy (Hotel Saski, wcześniej oberża Pod Królem Węgierskim).
- 1819 przebudowa kamienicy Katarzyny Duclosy przy ul. Szewskiej 9.
- 1819 przebudowa kamienicy Ignacego i Klary Raabów przy ul. Stolarskiej 13, wcześniej klasztoru dominikanek zwanego „większym”.
- 1819-1820 klasycystyczna przebudowa rynkowej kamienicy nr 5 należącej do Tomasza Wysockiego.
- 1820 inwentarz pałacu Wielopolskich na zlecenie władz sądowych (we współpracy z Feliksem Radwańskim i Janem Drachny).
- 1821 przebudowa budynku spichlerza na parterowy dom w ogrodzie dla Sykstusa Lewkowicza (obecnie zbudowany w 1886 r. Pałac Pusłowskich przy ul. Westerplatte 10).
- 1821-1822 przebudowa po pożarze kamienicy Pod Murzynami (ul. Floriańska 1) należącej do rodziny Przybylskich.
- 1822 konsultant projektu (wraz z matematykiem Franciszkiem Sapalskim) budowy Kopca Kościuszki.
- 1823 projekt dawnego klasztoru koletek na Stradomiu dla kupca Józefa Derycha.
- lata 20. XIX w. przebudowa kamienicy przy ul. Floriańskiej 14 (Hotel „Pod Różą”).
Projekt elewacji kamienicy Rynek Główny 5/ul. Sienna 2 z 1819 r. autorstwa Szczepana Humberta (ANK, Archiwum planów Budownictwa Miejskiego w Krakowie, sygn. 29/1410/AMB 35)
Projekt elewacji oraz plan piwnic i drugiego piętra kamienicy ul. Stolarska 13 z 1819 r. autorstwa Szczepana Humberta (ANK, Archiwum planów Budownictwa Miejskiego w Krakowie, sygn. 29/1410/AMB 407)
Plan przebudowy spichlerza na budynek mieszkalny (ul. Westerplatte 10) w 1821 r. autorstwa Szczepana Humberta (ANK, Archiwum planów Budownictwa Miejskiego w Krakowie, sygn. 29/1410/AMB 784)
Projekt autorstwa Szczepana Humberta z 1812 r., kiedy jako rzeczoznawca analizował sporne kwestie przebiegu kanalizacji między kamienicami na ulicy Mikołajskiej – nr 628 (obecnie nr 8) Mateusza Kruczkowskiego i nr 627(obecnie nr 6) Adama Dembosza (ANK, Akta miasta Krakowa, sygn. 29/33/3977, s. 87)